温度和湿度 贮藏温度对种子发芽率的影响显著,发芽率常随温度增高而下降。在30℃条件下贮藏种子会产生畸形幼苗。温度效应还受到种子含水量的影响。在一定温度下，充分干燥的种子在密闭容器中贮藏可以延长寿命；种子含水量越高则生活力递减。因此，为了延长种子寿命，应根据需要分别采取各种温、湿度标准。常规贮藏的种子在为25℃、相对湿度为75％的条件下，生活力只能保持2年左右;温度为20℃、相对湿度为60％时可保存5年；温度为4℃、相对湿度为45％时可保存20年；温度为－10℃、相对湿度为30％时可保存70年以上。总之，应避免高温（30℃以上）和高湿（相对湿度75％以上，相当于种子含水量15％以上）的贮藏环境条件。
气体 在密闭条件下,采用部分真空或二氧化碳、氮、氦、氢等气体，相应减少氧含量，同时保持10～20℃的低温,可使含水量在10％以下的种子保持高发芽率达8年之久。但对含水量超过安全水分的种子，缺氧贮藏将导致无氧呼吸，积累乙醇等有害物质，使发芽率降低，甚至导致种子死亡。
贮藏方法 因种子用途而异。贮藏作物、育种材料和种质资源的原始小样种子时，通常采用麻袋、多孔纸袋、聚乙烯薄膜袋、玻璃瓶、纤维板箱、金属罐等包装。大田生产用种子多采用散装、小围囤，或用麻袋、布袋、防潮袋等包装方式。入库前先进行种子的清净、干燥和仓房的消毒工作。从收获、脱粒、干燥到入仓的每一操作程序，应按作物种类、品种分别进行，避免混杂。入库后的堆放应注意防潮、防虫和防鼠类等的危害。夏季以密闭为主，适时通风换气；低温干燥季节则以通风为主。贮藏期间应定期检查和测定发芽率。播种前或调拨时除进行发芽率测定外，如发现虫害，可用防护剂拌种或用化学药剂薰杀处理，但须严格控制用药量。