储存保管好药材种子，是确保来年丰收的一项关键性措施。多年的经验表明，中药材种子除了常规储存方法外，药农和其他种子管理人员还应掌握以下几方面的储存技巧，以确保药种发芽率，为下季药材生产做好准备工作。
一是把好水分关。贮藏前选择晴天反复晾晒，使含油类多的药种水分控制在8%～9%，一般的药种水分控制在12%～13%。
二是把好纯度关。药材良种要单收、单打、单晒、单独储存。晾晒时要单场晾晒，不要与其他品种同晒一场，以防混杂。结合晾晒，彻底清除其中的茎、叶、杂草、泥沙及秕籽、虫破籽、霉变籽等杂物。贮存库房间应常规消毒，严防药种受到污染。贮存时标上标签，标明种子名称、重量、纯度、入库时间等。
三是把好存放关。药种储存量大时，要选择清洁、干燥、隔热、通风、防潮条件好的专库储存。药种入库前，将库内其他种子、垃圾等杂物清理干净，用10%石灰水消毒，用农药杀灭库内害虫和老鼠。药种存放要远离火炉，也不能在粉坊、油坊等场所存放，可在存放其他粮食品种、棉花种子、农具等物的库房内设专位存放。药种用麻袋包装。不要将种子与碳酸铵、尿素等氨态氮肥或农药混存一室。
四是把好温度关。药种不宜暴晒过度，切忌在水泥地面和铁板上晒种。晾晒过的种子，在傍晚降温后入库。贮存药种的仓库温度保持在20℃以下，散装种子应在种子中间插放通风草把。
五是把好湿度关。药种应存放在干燥通风处。地面上用砖头或圆木等垫高50厘米以上，将成药种的容器依次放上。不能把种袋直接放在地面上，并要远离墙壁30厘米，避免潮湿。种子贮藏过程中应经常晾晒，适时通风换气。
六是把好防鼠防虫关。贮存的种子如数量不大，可选用水泥缸、瓷缸贮藏。贮存期间，定期检查。如发现害虫，每200千克种用磷化铝1片，用布包好，放入种袋内，密封7天即可。也可用菊酯类杀虫剂喷雾，或在种子装袋时每袋放入1～2粒磷化铝颗粒。
七是把好管理关。储存期间重点检查温度和湿度。入库初期，每周检查1次，中期每10天检查1次，后期每20天检查1次。发现种子吸潮或温度过高时，及时通风防湿散湿。如不能解决问题，必须出库晾晒，达到含水量标准时再入库。整个储存期间注意防火。
如果无库房条件，种子于室外露天存放，地面围好塑料布，用绳子绑结实，压住四角，防止雨雪淋湿及大风吹坏。